生化模式凈水主要是靠硝化細菌，硝化細菌從無到有這個過程俗稱掛膜。硝化細菌掛膜需要濾材（細菌屋）；硝化細菌屬于好氧細菌，因此需要氧氣；硝化細菌繁殖還需要養分，也就是魚糞。再滿足上訴三個情況下，保持25度水溫，硝化細菌從無到有需要將近35天，15度水溫情況下需要50天或者更久，這個過程叫冷啟動。想快速啟動，可以使用液體硝化細菌，或者添加一些其他已經掛膜的濾材進來進行引菌，這個過程叫熱啟動。海水系統應為高鹽度的問題，自然掛膜時間比淡水系統要長一倍以上，時間也隨鹽度升高而延長。
循環水養殖系統（recirculating aquaculture system，RAS）作為一種新型養殖模式，通過一系列水處理單元將養殖池中產生的廢水處理后再次循環回用。其主要原理是將環境工程、土木建筑、現代生物、電子信息等學科領域的先進技術集于一體，以去除養殖水體中殘餌糞便、氨氮（TAN）、亞硝（xiao）酸鹽氮（NO2--N）等有害污染物,凈化養殖環境為目的，利用物理過濾、生物過濾、去除CO2、消毒、增氧、調溫等處理將凈化后的水體重新輸入養殖池的過程。其不僅可以解決水資源利用率低的問題，還可以為養殖生物提供穩定可靠、舒適優質的生活環境，為高密度養殖提供了有利條件。
紫外線殺菌器是一種將飛利浦紫外線殺菌燈設置在PVC管道內的一種水處理設備。水經過過濾后，透明度增加，再經過紫外線殺菌器的管道時，水中的細菌、病毒、微藻種子等，都被殺死。紫外線殺菌器的優點就是殺菌消毒的同時，無任何殘留物質生成。 當水經過殺菌消毒后，由于后面的蛋白質分離器和生物過濾器的出水都是自動流回魚池的，所以，應將冷暖機、蛋白質分離器和生物過濾器并聯。也就是，紫外線殺菌器的出水通過三通，分成三路。分別去向冷暖機、蛋白質分離器和生物過濾器。