生化模式凈水主要是靠硝化細菌，硝化細菌從無到有這個過程俗稱掛膜。硝化細菌掛膜需要濾材（細菌屋）；硝化細菌屬于好氧細菌，因此需要氧氣；硝化細菌繁殖還需要養分，也就是魚糞。再滿足上訴三個情況下，保持25度水溫，硝化細菌從無到有需要將近35天，15度水溫情況下需要50天或者更久，這個過程叫冷啟動。想快速啟動，可以使用液體硝化細菌，或者添加一些其他已經掛膜的濾材進來進行引菌，這個過程叫熱啟動。海水系統應為高鹽度的問題，自然掛膜時間比淡水系統要長一倍以上，時間也隨鹽度升高而延長。
溶氧量充足可以改善魚類棲息的生活環境，降低氨氮、亞硝(xiao)酸態氮、硫化氫等有毒物質的濃度。魚蝦生活在溶氧不足的水中，體質將下降，對疾病抵抗力降低，發病率升高，在低氧環境下寄生蟲病也易于蔓延。由于國內現階段池塘養殖方式較為廣泛，工廠化養殖廠規模大多較小，所以主要使用機械式增氧機。工廠化養殖規模大，養殖密度高，對增氧系統要求高，普遍采用純氧、富氧增氧。雖然機械式增氧機目前基本上能滿足國內要求，但是考慮到大規模正規的工廠化養魚廠及發展趨勢，純氧、富氧增氧技術在國內的運用是必然。
在目前的發展水平下，循環水養殖模式較高的準入門檻使得循環水養殖與普通低附加值魚類無緣，而名貴海水魚類可養殖品種有限，限制了循環水養殖模式的發展。近些年來，經過專家學者和眾多的養殖企業的不斷探索，國內循環水養殖品種的豐富度大大提高，如：斑石鯛、墨瑞鱈魚、黃條鰤等。循環水養殖系統既是一個復雜的系統工程，又是一個矛盾的綜合體，因此，不可能存在一種十全十美、適用于所有養殖品種的循環水養殖系統，只要不出現明顯的設計漏洞，系統運行過程中遇到的很多問題，可以通過系統管理技術和養殖技術來解決。