生化模式凈水主要是靠硝化細菌，硝化細菌從無到有這個過程俗稱掛膜。硝化細菌掛膜需要濾材（細菌屋）；硝化細菌屬于好氧細菌，因此需要氧氣；硝化細菌繁殖還需要養分，也就是魚糞。再滿足上訴三個情況下，保持25度水溫，硝化細菌從無到有需要將近35天，15度水溫情況下需要50天或者更久，這個過程叫冷啟動。想快速啟動，可以使用液體硝化細菌，或者添加一些其他已經掛膜的濾材進來進行引菌，這個過程叫熱啟動。海水系統應為高鹽度的問題，自然掛膜時間比淡水系統要長一倍以上，時間也隨鹽度升高而延長。
既然是養活物，非常核心的兩個問題，一個是用什么養？即養殖模式，一個是怎么養？養殖管理。養殖模式包括養殖技術和手段。而養殖管理談的是如何統籌、調動人、物、水，讓人盡其能，物盡其用，水盡其利。養殖技術沒什么好說的，養殖業發展至今，技術必然已經足夠成熟到可以支撐這個產業，而手段（循環水養殖）剛才也已經說過了。但有一點是被大多數人有意或無意忽略了的問題，就是養殖管理。
循環水養殖系統（recirculating aquaculture system，RAS）作為一種新型養殖模式，通過一系列水處理單元將養殖池中產生的廢水處理后再次循環回用。其主要原理是將環境工程、土木建筑、現代生物、電子信息等學科領域的先進技術集于一體，以去除養殖水體中殘餌糞便、氨氮（TAN）、亞硝（xiao）酸鹽氮（NO2--N）等有害污染物,凈化養殖環境為目的，利用物理過濾、生物過濾、去除CO2、消毒、增氧、調溫等處理將凈化后的水體重新輸入養殖池的過程。其不僅可以解決水資源利用率低的問題，還可以為養殖生物提供穩定可靠、舒適優質的生活環境，為高密度養殖提供了有利條件。