傳統養殖方式如池塘養殖和網箱養殖，存在著占地面積大，適合養殖的地域有限，污染環境，易受地理氣候條件影響，容易因自然災害造成減產等劣勢，其越來越嚴重的環境問題和產品安全性問題，難以實現可持續性發展。與傳統養殖方式相比，循環水養殖生產每單位水產品可以節約50～100倍的土地和160～2600倍的水，比傳統養殖節約90%～99%的水和99%的土地，并且幾乎不污染環境。
但目前來看，工廠化循環水養殖技術和系統的推廣還存在以下問題：是基礎建設成本高，投入大。現在采用循環水養殖系統的企業大多數為具有一定規模，技術力量和實力較為雄厚的養殖企業，而對大部分小本經營的養殖戶（單位）來說是可望而不可即，這也使循環水養殖系統和技術的大范圍推廣受到了制約。部分工廠化循環水養殖系統由于設計存在問題或其他一些人為原因，運行不充分或運行效率較低，影響了工廠化循環水養殖的總體水平，節水節能技術路線有待進一步探討、完善。
很多人會問自來水可以進行水產養殖嗎，答案是否定的。讓我們來先了解一下魚的免疫系統，魚身體的表皮層內長有一種杯狀細胞，不斷地在分泌著粘液，使魚體減少游在水中的摩擦，同時，粘液又能保護魚體不受寄生物、霉菌、細菌和其他微小生物的侵蝕，并使皮膚具有一種正常的滲透能力。為什么說自來水不適合水產養殖呢，因為自來水中主要含有"氯"的成份。自來水中的氯卻是一種強氧化劑，在水中生成很不穩定的強氧化劑---次氯酸。