但目前來看，工廠化循環水養殖技術和系統的推廣還存在以下問題：是基礎建設成本高，投入大。現在采用循環水養殖系統的企業大多數為具有一定規模，技術力量和實力較為雄厚的養殖企業，而對大部分小本經營的養殖戶（單位）來說是可望而不可即，這也使循環水養殖系統和技術的大范圍推廣受到了制約。部分工廠化循環水養殖系統由于設計存在問題或其他一些人為原因，運行不充分或運行效率較低，影響了工廠化循環水養殖的總體水平，節水節能技術路線有待進一步探討、完善。
常見寄生在鰓部的苗種寄生蟲有：鰓隱鞭蟲、口絲蟲、錐體蟲、魚波豆蟲等等，這些寄生蟲會逐步破壞魚苗鰓部的功能，導致會出現魚不吃食或者浮頭等現象。預防寄生蟲的*有效方法就是管理好養殖水的質量，假如真的發現了魚不吃食或者浮頭等現象，千萬不要著急，不要妄自猜測，不要亂用藥，首先要確定是不是寄生蟲引起的，再者要確定到底是哪種寄生蟲引起的，*后才是用藥。
目前我國的循環水養殖系統技術的系統設施和養殖生產處于相脫節的狀況，也就是說只有少數人真正掌握循環水養殖設施正常管理技術，大多數已建的循環水養殖設施很大一部分不能正常運轉。究其原因，一是循環水養殖管理要求復雜，技術上有缺陷，不易實現平穩運行；二是一般養殖場的人員素質和結構不能滿足循環水養殖的要求。因此，今后養殖設施的開發應更加注重從整體上整合養殖設施和養殖技術，做到“軟硬件”真正的統一，并不斷提高設施的信息化和智能化水平，降低管理維護難度。