在分解細菌的作用下，再進一步轉化成了氨。被魚類吃掉的一部分經過魚類的消化，也轉變成氨。殊途同歸的氨在分子態時是一種劇毒物質。在硝化細菌的作用下，它會被轉化成亞鹽。亞鹽是一種不太穩定的物質。在高氧化還原電位的情況下，會被氧化成亞鹽。此時如果有反硝化細菌，鹽就會被轉化成N2從水中溢出。這樣，水體中的氮元素就完成了一個完整的轉化分離過程。 在實踐中，生物過濾的細菌需要適宜的條件才能起到相應的作用。如水體的溫度、PH、溶氧量、合適的碳氧化、殺菌劑等。因此，不僅要求其他系統設備與生物過濾器配套，更對操作者有一定的技術要求。
魚浮頭的現象在水產養殖中并不少見，是什么原因造成魚浮頭現象的出現呢，可能很多人會想到是缺氧。沒錯，缺氧的確會發生魚浮頭的現象，這時我們應該要打開增氧機，增加水體溶氧。但是有些時候，養殖戶會發現一個奇怪的現象就是打開增氧機之后，魚浮頭的現象也不會消失。這時候我們要思考一下造成魚浮頭現象的真正原因是什么，假如打開增氧機之后，增氧機周圍并沒有魚游過去的話，可以排除是缺氧導致魚浮頭。
保持水深在40～80厘米。氨氮含量小于每升0.2毫克，溶氧大于每升5毫克，保持水質清新。光照強度500～2000勒克斯，光照均勻。根據要求調節水溫和換水量。養殖過程需按時測定水溫、pH值、溶解氧、鹽度、COD、氨氮、亞硝(xiao)酸鹽、硝(xiao)酸鹽、磷酸鹽等相關指標，將各項指標控制在合適的范圍內。當水溫高于20℃時，需要加大地下低溫海水的添加量和循環水量，并采取加大純氧供給量的措施，使氧氣飽和度達到100～150%（有液氧設施）。由于夜晚時間比較長，也是魚類生長速度比較快的時段，因此每天傍晚要堅持清潔養殖池一次，并進行一次池底排污操作，給魚苗創造一個良好生長的環境。