常見寄生在鰓部的苗種寄生蟲有：鰓隱鞭蟲、口絲蟲、錐體蟲、魚波豆蟲等等，這些寄生蟲會逐步破壞魚苗鰓部的功能，導致會出現魚不吃食或者浮頭等現象。預防寄生蟲的*有效方法就是管理好養殖水的質量，假如真的發現了魚不吃食或者浮頭等現象，千萬不要著急，不要妄自猜測，不要亂用藥，首先要確定是不是寄生蟲引起的，再者要確定到底是哪種寄生蟲引起的，*后才是用藥。
但目前來看，工廠化循環水養殖技術和系統的推廣還存在以下問題：是基礎建設成本高，投入大。現在采用循環水養殖系統的企業大多數為具有一定規模，技術力量和實力較為雄厚的養殖企業，而對大部分小本經營的養殖戶（單位）來說是可望而不可即，這也使循環水養殖系統和技術的大范圍推廣受到了制約。部分工廠化循環水養殖系統由于設計存在問題或其他一些人為原因，運行不充分或運行效率較低，影響了工廠化循環水養殖的總體水平，節水節能技術路線有待進一步探討、完善。
循環水養殖系統原理：從第1個1400平米養殖車間的水源經過蛋白分離（泡沫分離器）、沉淀池沉淀后將水源流向下一個1400平米養殖車間繼續使用，達到養殖水源兩次利用，循環用水50%，大大節約了地下海水。技術流程：出水→微濾機過濾→臭氧消毒→蛋白質分離器→生物過濾→紫外殺菌→純氧充氧→監測→進池。監測系統：監測pH、DO、T、氧化還原電位，帶有報警系統。日換水量控制在總水量的10%—15%（即50—80 m3）之間。溫控系統采用地下井水交換來控制。充的純氧來自液氧罐。