高密的養殖下，一旦系統崩潰、疾病爆發或循環水養殖系統運行的穩定性和系統總水量的平衡、生物濾池的維護、過濾設施的定期清理、合理的投喂策略、適宜的養殖密度以及水質的檢測和疾病的預防都是分不開的。因此，循環水系統的科學有效運行是多學科知識的綜合體現。研究調查發現，很多企業對循環水養殖的原理、水處理設施設備的作用、運行參數等知之甚少，直接影響到系統的運行管理。較高的進入門檻也進一步加大了循環水養殖模式的推廣難度。
當今水產養殖行業，隨著需求的不斷增長，養殖成本不斷上漲，高密度養殖已經成為必然趨勢。養殖密度的提高能夠給水產養殖戶帶來可觀收益的同時，也給水產養殖帶來諸多難題，如何改善養殖水體質量已經成為高密度養殖的一大難題。改底是改善養殖水體質量的重要措施，沒有一個良好的底部就很難有一池好質量的水體，同樣的，一池不良的水體可能也會影響到底部，所以如何改善水體質量就是如何改善水池底部。
循環水養殖系統作為一種新型養殖模式，通過一系列水處理單元將養殖池中產生的殘餌糞便、氨氮（TAN）、亞硝(xiao)酸鹽氮（NO2–N）等有害污染物加以去除,凈化養殖水體環境為目的，利用物理過濾、生物過濾、去除CO2、消毒、增氧、調溫等處理將凈化后的水體重新輸入養殖池的過程。其不僅可以解決水資源利用率低的問題，還可以為養殖生物提供穩定可靠、舒適優質的生活環境，為高密度養殖提供了有利條件。