保持水深在40～80厘米。氨氮含量小于每升0.2毫克，溶氧大于每升5毫克，保持水質清新。光照強度500～2000勒克斯，光照均勻。根據要求調節水溫和換水量。養殖過程需按時測定水溫、pH值、溶解氧、鹽度、COD、氨氮、亞硝/酸鹽、硝/酸鹽、磷酸鹽等相關指標，將各項指標控制在合適的范圍內。當水溫高于20℃時，需要加大地下低溫海水的添加量和循環水量，并采取加大純氧供給量的措施，使氧氣飽和度達到100～150%（有液氧設施）。由于夜晚時間比較長，也是魚類生長速度比較快的時段，因此每天傍晚要堅持清潔養殖池一次，并進行一次池底排污操作，給魚苗創造一個良好生長的環境。
眾所周知水產養殖*重要的是養殖水的質量，著水產養殖水平的提高，大量餌料、肥料、漁藥等物質投入，帶來大量有機廢物沉積或溶解于養殖水體中，導致有毒有害物質增加和溶解氧供求矛盾激化，造成養殖水質量不斷惡化，這種現象我們稱之為“死水”。很多外塘養殖都會出現這樣的情況，導致水產品的養殖密度低下，達不到社會需要的價值較高的安全水產品。
工廠化循環水養殖系統的典型工藝和裝備是以物理過濾結合生物過濾為主體，對養殖水體進行深度凈化，并集成了水質自動監控系統，實時監測并調控養殖水體質量并可追溯。該系統具有工藝技術完善、水處理效果好、水質狀況穩定、生產操作舒適、設備維護簡便、運行成本低、系統投資省等優點。這是一套簡潔有效的工藝技術路線：魚池出水自流進入微濾機池，去除殘餌和魚糞等顆粒直徑大于60微米的固體懸浮物質，經水泵提升進入生物濾器，一方面截流微小的顆粒懸浮物，另一方面對水體中的氨氮進行降解，凈化后的水自流回魚池。