但目前來看，工廠化循環水養殖技術和系統的推廣還存在以下問題：是基礎建設成本高，投入大。現在采用循環水養殖系統的企業大多數為具有一定規模，技術力量和實力較為雄厚的養殖企業，而對大部分小本經營的養殖戶（單位）來說是可望而不可即，這也使循環水養殖系統和技術的大范圍推廣受到了制約。部分工廠化循環水養殖系統由于設計存在問題或其他一些人為原因，運行不充分或運行效率較低，影響了工廠化循環水養殖的總體水平，節水節能技術路線有待進一步探討、完善。
斜管蟲病是一種寄生蟲性疾病，在水產養殖中也是一種比較常見的寄生蟲性疾病，危害還是蠻大的。斜管蟲病主要發生在春季和秋季，但是當水質惡劣、魚體衰弱時，也會在夏季或冬季發生。此病初期沒有明顯癥狀，當大量寄生時，鰓和體表粘液增加，病魚食欲減退，體瘦而發黑。 斜管蟲一般寄生在淡水魚的鰓及皮膚上，對溫水性及冷水魚都可造成危害，主要危害魚苗魚種。
循環水處理系統設備是一種環保水處理的方式。隨著工業的快速發展，大量的工廠化水產養殖項目、市政污水、泳池工程等方面都需要對水進行循環處理、綜合利用。以期達到低碳減排的目的。水處理設備多年來專注于循環水處理特別是水產水族相關的循環水處理設備的研發與生產。在相關系統的設計與設備的改進上積累了豐富的經驗。循環水系統處理的對象一般是含有大量固體懸浮物或溶解性的物質，這些物質排入到養殖水中后會在細菌的作用下，分解成氨、硫化氫等對水生動物有毒的物質。因此，一時間將這些污染物截留并盡可能地將這些污染物變廢為寶，是循環水處理系統的功能所在。