在分解細菌的作用下，再進一步轉化成了氨。被魚類吃掉的一部分經過魚類的消化，也轉變成氨。殊途同歸的氨在分子態時是一種劇毒物質。在硝化細菌的作用下，它會被轉化成亞鹽。亞鹽是一種不太穩定的物質。在高氧化還原電位的情況下，會被氧化成亞鹽。此時如果有反硝化細菌，鹽就會被轉化成N2從水中溢出。這樣，水體中的氮元素就完成了一個完整的轉化分離過程。 在實踐中，生物過濾的細菌需要適宜的條件才能起到相應的作用。如水體的溫度、PH、溶氧量、合適的碳氧化、殺菌劑等。因此，不僅要求其他系統設備與生物過濾器配套，更對操作者有一定的技術要求。
循環水養殖技術是否成熟，我用幾個數字來回答。一個是循環水養殖的理念在國外早在20世紀50年代就有人提出，開始應用于生產是在70年代，而早在80年代就由一批學者引入中國并進行嘗試。彼時由于配套硬件設施的落后以及用電成本過高的原因無法持續。進入2000年以后，伴隨著一系列設備的國產化以及電費成本的下降，循環水養殖逐漸在各地遍地開花。產業需求推動著技術進步，而技術的完善反過來又刺激了產業升級。
高密的養殖下，一旦系統崩潰、疾病爆發或循環水養殖系統運行的穩定性和系統總水量的平衡、生物濾池的維護、過濾設施的定期清理、合理的投喂策略、適宜的養殖密度以及水質的檢測和疾病的預防都是分不開的。因此，循環水系統的科學有效運行是多學科知識的綜合體現。研究調查發現，很多企業對循環水養殖的原理、水處理設施設備的作用、運行參數等知之甚少，直接影響到系統的運行管理。較高的進入門檻也進一步加大了循環水養殖模式的推廣難度。