工廠化循環水養殖系統的典型工藝和裝備是以物理過濾結合生物過濾為主體，對養殖水體進行深度凈化，并集成了水質自動監控系統，實時監測并調控養殖水體質量并可追溯。該系統具有工藝技術完善、水處理效果好、水質狀況穩定、生產操作舒適、設備維護簡便、運行成本低、系統投資省等優點。這是一套簡潔有效的工藝技術路線：魚池出水自流進入微濾機池，去除殘餌和魚糞等顆粒直徑大于60微米的固體懸浮物質，經水泵提升進入生物濾器，一方面截流微小的顆粒懸浮物，另一方面對水體中的氨氮進行降解，凈化后的水自流回魚池。
當今水產養殖行業，隨著需求的不斷增長，養殖成本不斷上漲，高密度養殖已經成為必然趨勢。養殖密度的提高能夠給水產養殖戶帶來可觀收益的同時，也給水產養殖帶來諸多難題，如何改善養殖水體質量已經成為高密度養殖的一大難題。改底是改善養殖水體質量的重要措施，沒有一個良好的底部就很難有一池好質量的水體，同樣的，一池不良的水體可能也會影響到底部，所以如何改善水體質量就是如何改善水池底部。
生化模式凈水主要是靠硝化細菌，硝化細菌從無到有這個過程俗稱掛膜。硝化細菌掛膜需要濾材（細菌屋）；硝化細菌屬于好氧細菌，因此需要氧氣；硝化細菌繁殖還需要養分，也就是魚糞。再滿足上訴三個情況下，保持25度水溫，硝化細菌從無到有需要將近35天，15度水溫情況下需要50天或者更久，這個過程叫冷啟動。想快速啟動，可以使用液體硝化細菌，或者添加一些其他已經掛膜的濾材進來進行引菌，這個過程叫熱啟動。海水系統應為高鹽度的問題，自然掛膜時間比淡水系統要長一倍以上，時間也隨鹽度升高而延長。