工廠化循環水養殖系統不僅節能節水效果較好，而且還對防止養殖病害發生、實現養殖過程零用藥、提高產品質量和經濟效益發揮重要的作用。
目前我國的循環水養殖系統技術的系統設施和養殖生產處于相脫節的狀況，也就是說只有少數人真正掌握循環水養殖設施正常管理技術，大多數已建的循環水養殖設施很大一部分不能正常運轉。究其原因，一是循環水養殖管理要求復雜，技術上有缺陷，不易實現平穩運行；二是一般養殖場的人員素質和結構不能滿足循環水養殖的要求。因此，今后養殖設施的開發應更加注重從整體上整合養殖設施和養殖技術，做到“軟硬件”真正的統一，并不斷提高設施的信息化和智能化水平，降低管理維護難度。
我國工廠養殖目前受水處理成本的壓力，仍主要以流水養殖、半封閉循環水養殖為主，真正意義上的全封閉循環水養殖企業較少。流水養殖和半封閉養殖方式產量低（單位水體產量10—15千克/米2·年）、耗能大、效率低，與先進國家技術密集型的循環水養殖系統相比，在系統的循環水率、系統輔助水體的比率等關鍵性能方面基本接近國際水平，在設備、工藝、產量（先進技術的產量達100千克/米2·年以上）和效益等方面，以及生物凈化系統的構建、凈化效率和穩定性、系統集成度、系統穩定性等方面仍存在著一定的差距。