20世紀90年代，在淡水養殖方面，隨著經濟的快速發展，全國各地興建了很多水產養殖示范區，建立了一批淡水魚類工廠化循環水養殖系統，但是其經濟性矛盾依然突出。而工廠化循環水苗種繁殖生產系統具有水環境可控、苗種質量高等優點，適應了苗種生產的反季節性、水質條件要求高的特點，并且苗種的單位產值高，使之得到了一定程度的應用。以大菱鲆工廠化流水養殖為代表的海水工廠化養殖的大力推廣，隨之而來的是優質水資源大量耗用，尤其是地下水資源，造成地下水位下降、地陷等諸多問題。“九五”以來，國家有關科研計劃大力支持海水工廠化循環水養殖的研究，并取得了重要的階段性成果。
構建的工廠化循環水養魚系統，主要通過優化集成一批節本、節能型養殖設施及水處理技術，包括單元式養殖池、生物移動床、截留沉淀、氣提泵等，在保證系統水處理效果及生產能力的同時，有效降低了系統運行能耗。以同等養殖密度為40kg-50kg/m3，每日換水量為5%-10%/天計算，系統整體運行能耗相對于常規典型的循環水養殖系統可降低30%左右，比較符合我國可持續發展與健康養殖要求的，是一種具有良好推廣應用前景的工廠化循環水養殖模式。
近些年來，隨著水產養殖塘租、魚種、藥費、刮魚人工等費用的增加，使得養殖成本的大大提高，很多水產養殖戶為了降低成本，便開始加大放養密度。高密度養殖能夠帶來更高收益的同時也帶來難以解決的危害，很多水產養殖戶都不同程度上出現了養殖池亞*酸鹽過高的現象。養殖池亞*酸鹽過高會引發一系列問題，例如：造成魚黑鰓、鰓腫、爛鰓，嚴重時大量死魚；增氧不夠或天氣差時，魚容易缺氧浮頭；導致魚吃料變差，且容易出現腸炎；刮魚時容易出現“白身”、“燒尾”、“硬骨”等問題。而高密度養殖會增加處理亞*酸鹽的難度，很多養殖戶連潑2-3次降亞*酸鹽藥都不見效果。