聚合酶鏈式反應準備:10×擴增緩沖液、4種dNTP混合物(終濃度)、引物(終濃度)、模板DNA、Taq DNA聚合酶、Mg2+(終濃度)、補加雙蒸水等。其中dNTP、引物、模板DNA、Taq DNA聚合酶以及Mg2+的加量(或濃度)可根據實驗調整,以上表格只提供大致參考值。PCR反應五要素:參加PCR反應的物質主要有五種即:引物(PCR引物為DN段,細胞內DNA復制的引物為一段RNA鏈)、酶、dNTP、模板和緩沖液(其中需要Mg2+)。引物有多種設計方法,由PCR在實驗中的目的決定,但基本原則相同。PCR的很大特點是能將微量的DNA大幅增加。南通實時PCR檢測技術設計公司
聚合酶鏈式反應:RNA和DNA的五碳糖,前者比后者多了一個O,由于多出來的O原子造成了RNA和DNA的堿基不同,即O原子造成U和T的不同,U分子化學式C4H4N2O2,T胸腺嘧啶化學式C5H6N2O2,現在將兩個分子式進行對比,U比T多了CH2,結合前面的核糖區別,還有一個O分子,其余結構相同,那么O和CH2之間的聯系是什么?是什么導致DNA和RNA的區別是RNA比DNA多了O和CH2?或者說如何將病毒的堿基中U變成DNA堿基中的T?若從結構上說,直接從U中加入一個CH2,得到了T,這里面介入化學鍵的斷裂和重組,但是這樣一來的話,即使U變成了T,但是核糖依舊是RNA比DNA多了一個O分子,只是此時結構是某分子=核糖(C4H9O4CHO)+堿基(A T G C),形成了RNA的五碳糖+DNA的堿基這種分子了。此時將這種分子導入受體細胞(亦或者蛋白質)中,表達的性質一定不同于病毒表達的性質。珠海實時RT-PCR檢測技術方案逆轉錄-聚合酶鏈反應較廣用于表達譜,以確定基因的表達或鑒定RNA轉錄物的序列。
聚合酶鏈式反應準備:引物內部不應出現互補序列。兩個引物之間不應存在互補序列,尤其是避免3 ′端的互補重疊。引物與非特異擴增區的序列的同源性不要超過70%,引物3′末端連續8個堿基在待擴增區以外不能有完全互補序列,否則易導致非特異性擴增。引物3‘端的堿基,特別是很末及倒數第二個堿基,應嚴格要求配對,很好選擇是G和C。引物的5′端可以修飾。如附加限制酶位點,引入突變位點,用生物素、熒光物質、地高辛標記,加入其它短序列,包括起始密碼子、終止密碼子等。
聚合酶鏈反應注意事項:在實驗過程中要防止RNA的降解,保持RNA的完整性。在總RNA的提取過程中,注意避免mRNA的斷裂;為了防止非特異性擴增,必須設陰性對照;內參的設定:主要為了用于靶RNA的定量。常用的內參有G3PD(甘油醛-3-磷酸脫氫酶)、β-Actin(β-肌動蛋白)等。其目的在于避免RNA定量誤差、加樣誤差以及各PCR反應體系中擴增效率不均一各孔間的溫度差等所造成的誤差;PCR不能進入平臺期,出現平臺效應與所擴增的目的基因的長度、序列、二級結構以及目標DNA起始的數量有關。故對于每一個目標序列出現平臺效應的循環數,均應通過單獨實驗來確定;防止DNA的污染: 采用DNA酶處理RNA; 在可能的情況下,將PCR引物置于基因的不同外顯子,以消除基因和mRNA的共線性。現在有些PCR因為擴增區很短,即使Taq酶活性不是很好也能在很短的時間內復制完成。
PCR的反應條件:Tm=4(G+c)+(A+T),一般在45~55度,溫度低容易退火但特異性低;溫度高,不容易退火但特異性高。退火時間30秒。延伸溫度一般在70~75度這時TaqDNA聚合酶活性很高(150個/S),當引物在16個堿基以下時可采用緩慢升高溫度到70~75度的方法,使在低溫下就開始合成。一般<1KB時間1分鐘即可。當〈1KB時在較后的循環中延長擴增時間。循環次數25~30次。無產物時:取10ul擴增混合液作模板在進行PCR擴增;增加TaqDNA聚合酶濃度;增加循環次數;降低退火溫度;加靶DNA量。聚合酶鏈式反應中要確保反應緩沖液融化完全并徹底混勻。珠海實時RT-PCR檢測技術方案
聚合酶鏈式反應:模板的制備,PCR的模板可以是DNA,也可以是RNA。南通實時PCR檢測技術設計公司
聚合酶鏈反應:流聚合酶鏈反應:一種偽等溫PCR方法。將溶液置于熱梯度下,而不是反復加熱和冷卻聚合酶鏈反應混合物。由此產生的熱不穩定性驅動對流流動自動將聚合酶鏈反應試劑從熱區域和冷區域打亂,從而反復啟動聚合酶鏈反應。通過利用混沌流場的出現,可以優化熱邊界條件和PCR外殼的幾何形狀等參數,以產生特異和快速的PCR。這種對流聚合酶鏈反應設置明顯降低了設備功率需求和操作時間。逆轉錄聚合酶鏈反應(逆轉錄-聚合酶鏈反應):用于從RNA中擴增DNA。逆轉錄酶將核糖核酸逆轉錄成cDNA ,然后通過聚合酶鏈反應進行擴增。逆轉錄-聚合酶鏈反應較廣用于表達譜,以確定基因的表達或鑒定RNA轉錄物的序列,包括轉錄起始和終止位點。如果基因的基因組DNA序列是已知的,逆轉錄-聚合酶鏈反應可以用來繪制基因中外顯子和內含子的位置。基因的5’端(對應于轉錄起始位點)通常通過 RACE-PCR (快速擴增cDNA末端)中。南通實時PCR檢測技術設計公司