莆田特殊樣本RT-PCR檢測技術原理及步驟

Real-time PCR鏈式反應的常見問題：靶序列變異：如靶序列發生突變或缺失，影響引物與模板特異性結合，或因靶序列某段缺失使引物與模板失去互補序列，其PCR擴增是不會成功的。假陽性：出現的PCR擴增條帶與目的靶序列條帶一致，有時其條帶更整齊，亮度更高。引物設計不合適：選擇的擴增序列與非目的擴增序列有同源性，因而在進行PCR擴增時，擴增出的PCR產物為非目的性的序列。靶序列太短或引物太短，容易出現假陽性。需重新設計引物。出現片狀拖帶或涂抹帶：PCR擴增有時出現涂抹帶或片狀帶或地毯樣帶。其原因往往由于酶量過多或酶的質量差，dNTP濃度過高，Mg2+濃度過高，退火溫度過低，循環次數過多引起。其對策有：減少酶量，或調換另一來源的酶。②減少dNTP的濃度。適當降低Mg2+濃度。增加模板量，減少循環次數。聚合酶鏈式反應準備：PCR所用的酶主要有兩種來源：Taq和Pfu，分別來自兩種不同的噬熱菌。聚合酶鏈式反應又稱多聚酶鏈式反應。莆田特殊樣本RT-PCR檢測技術原理及步驟

Real-time PCR：所謂Real-time PCR技術，是指在PCR反應體系中加入螢光基團，利用螢光信號累積實時監測整個PCR進程，之后通過標準曲線對未知模板進行定量分析的方法。利用螢光信號的變化實時檢測PCR擴增反應中每一個循環擴增產物量的變化，通過Ct值和標準曲線的分析對起始模板進行定量分析。Real-time PCR技術即實時螢光定量PCR避免了傳統PCR以終產物監測定量產生的偏差，提高實驗的重複性。該技術已經被普遍用于監測細胞mRNA表達量的變化；比較不同組織的mRNA表達差異；驗證基因晶片，siRNA干擾的實驗結果。莆田特殊樣本RT-PCR檢測技術原理及步驟Real-time PCR在實驗過程中要防止RNA的降解。

Real-time PCR實驗常用的RNA酶抑制劑：1.焦磷酸二乙酯（DEPC）：是一種強烈但不徹底的RNA酶抑制劑。它通過和RNA酶的活性基團組氨酸的咪唑環結合使蛋白質變性，從而抑制酶的活性。2.異硫氰酸胍：目前被認為是較有效的RNA酶抑制劑，它在裂解組織的同時也使RNA酶失活。它既可破壞細胞結構使核酸從蛋白中解離出來，又對RNA酶有強烈的變性作用。3.氧釩核糖核苷復合物：由氧化釩離子和核苷形成的復合物，它和RNA酶結合形成過渡態類物質，幾乎能完全抑制RNA酶的活性。4.RNA酶的蛋白抑制劑（RNasin）：從大鼠肝或人胎盤中提取得來的酸性糖蛋白。RNasin是RNA酶的一種非競爭性抑制劑，可以和多種RNA酶結合，使其失活。5.其它：SDS、尿素、硅藻土等對RNA酶也有一定抑制作用。

Real-time PCR從用途上分可以分為定性分析和定量分析：定量分析可以分為定量和相對定量兩種。定量指的是我們想知道某個基因在初始樣品中具體的拷貝數或濃度是多少？定量實驗必須使用已知拷貝數的標準品，必須做標準曲線。而相對定量是指我們想知道某一個基因在不同樣品中表達量的差異，其目的是測定目的基因在兩個或多個樣本中的含量的相對比例，而不需要知道它們在每個樣本中的拷貝數。舉例來說，如研究項目中包括使用高鹽脅迫處理的樣本和未高鹽脅迫處理的樣本，記為已處理樣本和未處理樣本，通常可以將未處理樣本指定為基準，規定其目的基因濃度為100%，用已處理樣本的定量結果除以未處理樣本的定量結果，就可以計算每個已處理樣本的基因含量相對于未處理樣本的百分比。相對定量可以應用于差異顯示結果驗證、基因芯片結果驗證、siRNA效果確認、mRNA表達量分析等等。在不同的PCR反應管中加入已定量的內標和引物，內標用基因工程方法合成。

Real-time PCR探針法適用于：1、具有高適應性和可靠性，實驗結果穩定重複性好，特異性更高。2、適用于擴增序列專一的體系的檢測。3、樣品中靶基因含量過低的定量PCR檢測。4、靶基因的特異序列較短，無論怎樣較佳化引物設計條件都不能解決。5、存在與靶基因同源的序列，在PCR中容易出現非特異性擴增，對特異性要求較高的定量。6、普遍用于人類傳染病的診斷和病原定量,在動物病原體基因的檢測,畜禽產品的檢驗檢疫,生物製品的鑒定。Real-time PCR探針法:PCR擴增時在加入一對引物的同時加入一個特異性的螢光探針，該探針為一寡核苷酸，兩端分別標記一個報告螢光基團和一個淬滅螢光基團。探針完整時，報告基團發射的螢光信號被淬滅基團吸收；PCR擴增時，Taq酶的5’-3’外切酶活性將探針酶切降解，使報告螢光基團和淬滅螢光基團分離，從而螢光監測系統可接收到螢光信號，即每擴增一條DNA鏈，就有一個螢光分子形成，實現了螢光信號的累積與PCR產物形成完全同步。實時熒光定量PCR實現了每一輪循環均檢測一次熒光信號的強度。溫州特殊樣本數字PCR

Real-time PCR從用途上分可以分為定性分析和定量分析。莆田特殊樣本RT-PCR檢測技術原理及步驟

Real-time PCR原理：所謂實時熒光定量PCR技術，是指在PCR反應體系中加入熒光基團，利用熒光信號積累實時監測整個PCR進程，通過標準曲線對未知模板進行定量分析的方法。DNA結合染料法，應用一種帶有熒光的、非特異的DNA結合染料檢測PCR過程中積累的擴增產物。檢測所有雙鏈DNA擴增產物，包括非特異反應產物，如引物二聚體。可對任何雙鏈DNA進行定量；不需要探針，因此減少了實驗設計及運轉成本；適合于大量基因的分析；簡單易用。實時熒光定量PCR：實時熒光定量PCR（QuantitativeReal-time PCR）是一種在DNA擴增反應中，以熒光化學物質測每次聚合酶鏈式反應（PCR）循環后產物總量的方法。通過內參或者外參法對待測樣品中的特定DNA序列進行定量分析的方法。Real-time PCR是在PCR擴增過程中，通過熒光信號，對PCR進程進行實時檢測。由于在PCR擴增的指數時期，模板的Ct值和該模板的起始拷貝數存在線性關系，所以成為定量的依據。莆田特殊樣本RT-PCR檢測技術原理及步驟

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