一代、二代、三代測序的區別分別是什么?
一代測序是上世紀70年代由Sanger和Coulson開創的DNA雙脫氧鏈終止法測序,也稱為Sanger測序。
二代測序技術(NGS)是為了改進一代測序通量過低的問題而出現的,能夠同時對上百萬甚至數十億個DNA分子進行測序實現了大規模、高通量測序的目標。
三代測序主要有兩種技術PacBio公司的SMRT和Oxford Nanopore 的納米孔單分子測序技術,這兩種技術的測序讀長都可以達到幾-kb的級別,遠遠高于二代測序技術。 二代測序可以檢測基因嗎?江蘇二代測序提供
二代測序技術在不同人群中的準確性有何差異②
遺傳病患者及攜帶者
優勢:在常見單基因遺傳病如囊性纖維化、鐮狀細胞貧血等的檢測中,二代測序技術準確性高,能夠快速、準確地找到致病基因,對于有家族遺傳病史的人群,可有效確定是否攜帶致病基因,評估生育患病后代的風險。
局限性:對于罕見遺傳病,由于基因突變的多樣性和復雜性,可能存在部分致病基因未被覆蓋或難以準確解讀的情況,導致準確性有所降低。此外,即使檢測結果為陰性,也不能完全排除患病可能,因部分遺傳病可能由未知基因突變或基因與環境相互作用引起2 內蒙古嘉安健達二代測序公司二代測序廣泛應用于個性化醫學。
chip-seq的應用領域
轉錄因子結合位點分析:可以精確地鑒定特定轉錄因子在基因組上的結合位點,幫助研究人員了解轉錄因子的調控網絡和基因表達調控機制。
表觀遺傳學研究:用于分析組蛋白修飾(如 H3K4me3、H3K27ac 等)和 DNA 修飾(如 5mC)在基因組中的分布,揭示這些修飾與基因表達和染色質狀態的關系。
疾病研究:通過比較疾病樣本和正常樣本之間的差異,找到與疾病發生和發展相關的基因和調控因子,為疾病的診斷、***和藥物研發提供靶點。
基因調控網絡構建:鑒定轉錄因子和其他調控因子與基因組上的相互作用,構建基因調控網絡,理解基因調控的復雜性和調控因子之間的協同作用。
基因組重構和進化研究:通過比較不同物種之間的轉錄因子結合位點和組蛋白修飾位點的保守性和變異性,揭示基因組的進化模式和基因調控的演化過程。
什么是chip-seq?
Chip-seq即染色質免疫共沉淀測序(ChromatinImmunoprecipitationSequencing),是一種結合染色質免疫共沉淀(ChIP)技術與高通量測序(NGS)的分子生物學技術,可在全基因組范圍內檢測與組蛋白、轉錄因子等相互作用的DNA區段。以下是具體介紹:
技術原理
染色質固定:使用甲醛等試劑交聯細胞內的蛋白質和DNA,使蛋白-DNA相互作用的復合物固定,從而保留它們在體內的結合狀態。
染色質片段化:采用超聲波或酶切的方法將染色質剪切成適合測序的小片段,通常片段大小在200-500bp范圍內。免疫共沉淀:利用特異性抗體富集與目標蛋白結合的DNA片段,通過抗體與目標蛋白的特異性結合,將蛋白-DNA復合物沉淀下來。
交聯逆轉與DNA提取:通過加熱或化學方法逆轉蛋白-DNA交聯,使DNA與蛋白質分離,然后提取并純化DNA。
文庫構建與高通量測序:對純化的DNA片段進行測序文庫制備,在DNA片段兩端連接特定的寡核苷酸接頭,隨后在高通量測序平臺上進行測序。
數據分析:包括序列比對,將測序讀段映射到參考基因組;峰值調用,識別蛋白質結合的富集區域;功能注釋,分析峰的位置和功能等。 在基因組研究方面,二代測序能夠分析生物體的整個基因組,促進遺傳變異、基因表達和基因組結構的研究。
二代測序—全外顯子測序的優勢針對性強:它主要聚焦于基因組中編碼蛋白質的區域,這部分區域雖然只占整個基因組的1-2%左右,但包含了大部分與疾病相關的突變。例如,在研究孟德爾遺傳病時,很多致病突變都位于外顯子區域,通過全外顯子測序可以更高效地找到這些突變。成本效益高:相比于全基因組測序,全外顯子測序的成本相對較低。因為它不需要對整個基因組(包括大量的非編碼區域)進行測序,在一定程度上減少了數據量和測序成本,同時又能獲取大部分有重要功能意義的遺傳信息。二代測序的工作原理是什么?安徽嘉安健達二代測序原理
二代測序的優勢是高通量。江蘇二代測序提供
二代測序技術在不同人群中的準確性有何差異③
孕婦及胎兒
優勢:無創產前篩查(NIPT)是二代測序技術用于孕期胎兒常見染色體非整倍體篩查的應用,對于唐氏綜合征、18-三體綜合征、13-三體綜合征等染色體異常疾病的檢測準確率分別能達到95%、85%、75%以上,明顯高于傳統血清學篩查。
局限性:孕婦外周血中胎兒游離DNA來源于胎盤滋養細胞,可能與胎兒實際情況不一致,導致假陽性。母親若合并免疫疾病、凝血功能障礙等,會使外周血中游離DNA含量過高,掩蓋胎兒來源的游離DNA,造成假陰性510. 江蘇二代測序提供