在分解細菌的作用下，再進一步轉化成了氨。被魚類吃掉的一部分經過魚類的消化，也轉變成氨。殊途同歸的氨在分子態時是一種劇毒物質。在硝化細菌的作用下，它會被轉化成亞鹽。亞鹽是一種不太穩定的物質。在高氧化還原電位的情況下，會被氧化成亞鹽。此時如果有反硝化細菌，鹽就會被轉化成N2從水中溢出。這樣，水體中的氮元素就完成了一個完整的轉化分離過程。 在實踐中，生物過濾的細菌需要適宜的條件才能起到相應的作用。如水體的溫度、PH、溶氧量、合適的碳氧化、殺菌劑等。因此，不僅要求其他系統設備與生物過濾器配套，更對操作者有一定的技術要求。
工廠化循環水養殖的特點：一是用水量少，可利用較低質水源，對水資源要求較低；二是占地少，對土地資源的要求低；三是養殖密度高，單位耗水產量大；四是易于控制生長環境，魚類（以及其他養殖種類）生長速度快，生長周期短；五是飼料利用率高；六是水循環使用，利用系數高；七是排放的廢水廢物少，能集中處理，對環境無壓力或很小；八是不受外界氣候的影響，可實現常年生產。
在水產養殖行業中，疾病一直是水產養殖戶所*忌憚的情況，養殖產品一旦感染病毒將會造成嚴重的損失，如果感染的是病毒性的疾病，造成的后果是很多養殖戶不能夠承受的。所以水產養殖戶們會花費大量的人力物力去做預防疾病滋生的措施，但是結果卻不怎么理想，收效甚微，各種各樣的病毒層出不窮。