我國工廠養殖目前受水處理成本的壓力，仍主要以流水養殖、半封閉循環水養殖為主，真正意義上的全封閉循環水養殖企業較少。流水養殖和半封閉養殖方式產量低（單位水體產量10—15千克/米2·年）、耗能大、效率低，與先進國家技術密集型的循環水養殖系統相比，在系統的循環水率、系統輔助水體的比率等關鍵性能方面基本接近國際水平，在設備、工藝、產量（先進技術的產量達100千克/米2·年以上）和效益等方面，以及生物凈化系統的構建、凈化效率和穩定性、系統集成度、系統穩定性等方面仍存在著一定的差距。
但目前來看，工廠化循環水養殖技術和系統的推廣還存在以下問題：是基礎建設成本高，投入大。現在采用循環水養殖系統的企業大多數為具有一定規模，技術力量和實力較為雄厚的養殖企業，而對大部分小本經營的養殖戶（單位）來說是可望而不可即，這也使循環水養殖系統和技術的大范圍推廣受到了制約。部分工廠化循環水養殖系統由于設計存在問題或其他一些人為原因，運行不充分或運行效率較低，影響了工廠化循環水養殖的總體水平，節水節能技術路線有待進一步探討、完善。
在水產養殖行業中，疾病一直是水產養殖戶所*忌憚的情況，養殖產品一旦感染病毒將會造成嚴重的損失，如果感染的是病毒性的疾病，造成的后果是很多養殖戶不能夠承受的。所以水產養殖戶們會花費大量的人力物力去做預防疾病滋生的措施，但是結果卻不怎么理想，收效甚微，各種各樣的病毒層出不窮。