目前普通的養殖技術都是基于自然或傳統養殖模式條件下魚類的生理活動研究成果，但是在工廠化高密度條件下，魚類受到環境脅迫，生理狀況會有顯著變化，水生態環境更為單一，養殖技術應有相應的調整。我國目前在該領域的研究嚴重滯后于生產，無法提供成熟的養殖工藝，設施的效能不能得到發揮。部分配套技術的發展也不均衡，比如飼料品質普遍較差，營養轉移效率低且不穩定，增加了設施系統的處理負荷，導致綜合效益下降。因此，需要針對工廠化循環水養殖的系統條件，研究發展配套的養殖技術。
循環水養殖系統（recirculating aquaculture system，RAS）作為一種新型養殖模式，通過一系列水處理單元將養殖池中產生的廢水處理后再次循環回用。其主要原理是將環境工程、土木建筑、現代生物、電子信息等學科領域的先進技術集于一體，以去除養殖水體中殘餌糞便、氨氮（TAN）、亞硝（xiao）酸鹽氮（NO2--N）等有害污染物,凈化養殖環境為目的，利用物理過濾、生物過濾、去除CO2、消毒、增氧、調溫等處理將凈化后的水體重新輸入養殖池的過程。其不僅可以解決水資源利用率低的問題，還可以為養殖生物提供穩定可靠、舒適優質的生活環境，為高密度養殖提供了有利條件。
但目前來看，工廠化循環水養殖技術和系統的推廣還存在以下問題：是基礎建設成本高，投入大。現在采用循環水養殖系統的企業大多數為具有一定規模，技術力量和實力較為雄厚的養殖企業，而對大部分小本經營的養殖戶（單位）來說是可望而不可即，這也使循環水養殖系統和技術的大范圍推廣受到了制約。部分工廠化循環水養殖系統由于設計存在問題或其他一些人為原因，運行不充分或運行效率較低，影響了工廠化循環水養殖的總體水平，節水節能技術路線有待進一步探討、完善。