生化模式凈水主要是靠硝化細菌，硝化細菌從無到有這個過程俗稱掛膜。硝化細菌掛膜需要濾材（細菌屋）；硝化細菌屬于好氧細菌，因此需要氧氣；硝化細菌繁殖還需要養分，也就是魚糞。再滿足上訴三個情況下，保持25度水溫，硝化細菌從無到有需要將近35天，15度水溫情況下需要50天或者更久，這個過程叫冷啟動。想快速啟動，可以使用液體硝化細菌，或者添加一些其他已經掛膜的濾材進來進行引菌，這個過程叫熱啟動。海水系統應為高鹽度的問題，自然掛膜時間比淡水系統要長一倍以上，時間也隨鹽度升高而延長。
魚浮頭的現象在水產養殖中并不少見，是什么原因造成魚浮頭現象的出現呢，可能很多人會想到是缺氧。沒錯，缺氧的確會發生魚浮頭的現象，這時我們應該要打開增氧機，增加水體溶氧。但是有些時候，養殖戶會發現一個奇怪的現象就是打開增氧機之后，魚浮頭的現象也不會消失。這時候我們要思考一下造成魚浮頭現象的真正原因是什么，假如打開增氧機之后，增氧機周圍并沒有魚游過去的話，可以排除是缺氧導致魚浮頭。
循環水養殖系統難點是解決氮循環的問題，要消除氨氮和亞硝(xiao)酸氮的影響。環控公司的解決方案是在循環水養殖系統中加入了反硝化反應池，但由于反硝化作用需要在嚴格厭氧條件下進行，因此硝化作用反應池需要跟反硝化作用反應池分開。目前循環水養殖設備已實現工廠化生產，做到了養殖池與養殖凈化設備的無縫連接。通過一系列的物理過濾、化學沉淀以及通過微生物的作用去除氨氮、硝氮和亞硝氮再通過殺菌消毒、充氧等操作，水體重新流回到循環水養殖系統中，實現養殖水的循環利用。