無論是傳統的水產養殖模式，還是新型的工廠化水產養殖模式，一些基本的水質參數都是需要達標的。比如養殖水體的溫度、溶氧量、氨氮含量、亞鹽含量等。在實際應用中不同的魚種對這些參數的要求和耐受力也是不同的。在高密度工廠化水產養殖條件下，時刻保證相應的水質參數達標是整個循環水處理系統配置的根本依據。工廠化水產養殖系統的基本組成及工藝流程 工廠化水產養殖系統的配置應與對應魚種的適應環境相匹配。以全封閉的循環水養殖系統為例。
養殖過程中產生的殘餌、糞便，有部分無法通過換水排出而吸附在池壁池底。洗池對于排出養殖池底的污物有一定效果。無死角的養殖池形狀結合向中央傾斜的池底和中央排污方式，可以有效的排出池底污物。當同一個養魚池中魚的大小、強弱不一時，會嚴重影響魚的生長速度，因而，養殖過程中必須按時進行大小分選。魚的大小分選不僅可以防止互殘（半滑舌鰨的互殘的情況很少發生），而且便于進行管理，尤其是幼魚，幼魚生長比較快，分選和不分選，幼魚的生長、死亡率和餌料的利用率相差很大。但要盡可能減少分養次數，過多次數的分養會使魚體受傷，增加魚的應激反應。
魚浮頭的現象在水產養殖中并不少見，是什么原因造成魚浮頭現象的出現呢，可能很多人會想到是缺氧。沒錯，缺氧的確會發生魚浮頭的現象，這時我們應該要打開增氧機，增加水體溶氧。但是有些時候，養殖戶會發現一個奇怪的現象就是打開增氧機之后，魚浮頭的現象也不會消失。這時候我們要思考一下造成魚浮頭現象的真正原因是什么，假如打開增氧機之后，增氧機周圍并沒有魚游過去的話，可以排除是缺氧導致魚浮頭。