高密的養殖下，一旦系統崩潰、疾病爆發或循環水養殖系統運行的穩定性和系統總水量的平衡、生物濾池的維護、過濾設施的定期清理、合理的投喂策略、適宜的養殖密度以及水質的檢測和疾病的預防都是分不開的。因此，循環水系統的科學有效運行是多學科知識的綜合體現。研究調查發現，很多企業對循環水養殖的原理、水處理設施設備的作用、運行參數等知之甚少，直接影響到系統的運行管理。較高的進入門檻也進一步加大了循環水養殖模式的推廣難度。
實驗中降1個pH單位所需鹽（yan）酸、六水氯化鈣、白醋的大致用量分別為1.2 mmol/L、1.5 g/L和2.4 ml/L，鹽（yan）酸降pH效果持續時間較短，約24~48 h，而氯化鈣和白醋均可持續72~96h以上。如果采用生物與化學結合方法或者直接采用生物方法，則可進一步通過影響水體中各類微生物和藻類活性來建立新的pH平衡體系，達到降低pH及維持pH穩定的效果。苗種塘水草覆蓋面積應占池塘的面積的50%-70%左右，夏天為蟹苗提供好的避溫場所，冬天有利于河蟹越冬，對河蟹的隱蔽與攝食有保護作用。
我國苗種繁育過程的全人工控制技術尚處于起步階段，低營養條件下的生物膜培養技術、水質的智能化控制技術、不同特性魚卵孵化設施技術、繁育過程智能化判別技術等需要突破，繁育生態環境人工控制技術需要優化和集成。有必要針對我國大宗養殖產品和一些名特優品種的苗種繁育要求，應用現代水環境控制技術和孵化繁育生境模擬技術，構建特定的設備系統，形成完善的養殖生產工藝，達到水環境有效控制、孵化過程有效調控、節能節水以及反季節工業化生產的目的。