保持水深在40～80厘米。氨氮含量小于每升0.2毫克，溶氧大于每升5毫克，保持水質清新。光照強度500～2000勒克斯，光照均勻。根據要求調節水溫和換水量。養殖過程需按時測定水溫、pH值、溶解氧、鹽度、COD、氨氮、亞硝(xiao)酸鹽、硝(xiao)酸鹽、磷酸鹽等相關指標，將各項指標控制在合適的范圍內。當水溫高于20℃時，需要加大地下低溫海水的添加量和循環水量，并采取加大純氧供給量的措施，使氧氣飽和度達到100～150%（有液氧設施）。由于夜晚時間比較長，也是魚類生長速度比較快的時段，因此每天傍晚要堅持清潔養殖池一次，并進行一次池底排污操作，給魚苗創造一個良好生長的環境。
工廠化循環水從水處理的側重點不同分為機械模式和生化模式，主要區別就是看能耗大小，本文所講的是生化模式。這個模式能否成功，與虹吸能否順利運行有直接關系，虹吸設備需要時常維護否則會莫名其妙的失效。有人說：我都準備投入了30萬，你告我天天還得維護，這是搞毛線啊？虹吸失敗的話，整個系統視養殖密度在兩天到四天以內崩潰----魚蝦死光光。工廠化循環水系統的重點是凈水系統，占比50%；生物習性占30%；其他的溶氧恒溫等條件的占比20%。
20世紀80年代，國外的工廠化循環水養殖設施和技術開始進入中國，當時各地花巨資共引進了西德和丹麥約30余套循環水養殖設施，但由于高昂的投入和運行成本，上述設施很快便被束之高閣。1988年，中國水產科學研究院漁業機械儀器研究所在吸收消化國外技術的基礎上，設計了國內第壹個生產性的工廠化循環水養殖車間。隨著養殖業和物流的迅速發展，北方冬季的吃魚問題得到很大改善。隨著北方魚價的大幅下跌，工廠化循環水養殖的經濟性受到了嚴重的質疑，加上技術上的不成熟，工廠化循環水養殖的發展進入了低谷。