近些年來，隨著水產養殖塘租、魚種、藥費、刮魚人工等費用的增加，使得養殖成本的大大提高，很多水產養殖戶為了降低成本，便開始加大放養密度。高密度養殖能夠帶來更高收益的同時也帶來難以解決的危害，很多水產養殖戶都不同程度上出現了養殖池亞*酸鹽過高的現象。養殖池亞*酸鹽過高會引發一系列問題，例如：造成魚黑鰓、鰓腫、爛鰓，嚴重時大量死魚；增氧不夠或天氣差時，魚容易缺氧浮頭；導致魚吃料變差，且容易出現腸炎；刮魚時容易出現“白身”、“燒尾”、“硬骨”等問題。而高密度養殖會增加處理亞*酸鹽的難度，很多養殖戶連潑2-3次降亞*酸鹽藥都不見效果。
我國工廠養殖目前受水處理成本的壓力，仍主要以流水養殖、半封閉循環水養殖為主，真正意義上的全封閉循環水養殖企業較少。流水養殖和半封閉養殖方式產量低（單位水體產量10—15千克/米2·年）、耗能大、效率低，與先進國家技術密集型的循環水養殖系統相比，在系統的循環水率、系統輔助水體的比率等關鍵性能方面基本接近國際水平，在設備、工藝、產量（先進技術的產量達100千克/米2·年以上）和效益等方面，以及生物凈化系統的構建、凈化效率和穩定性、系統集成度、系統穩定性等方面仍存在著一定的差距。
我國是世界上水產養殖規模大的國家，但由于傳統養殖方式存在的規范化程度低、養殖模式簡單、水資源浪費大、污染嚴重等問題，導致產能嚴重滯后。近年，由中國水產研究院聯合相關科研和推廣部門，對工廠化循環水養殖系統開展了全面研究。我國的南方地區海岸線長，網箱和土塘養殖發達，但存在各種魚、蝦苗種供應不足和孵化育苗存活率低、臺風等自然災害較多、工業污染水源等問題。